Bei der Nationalratswahl am 3. Oktober 1999 muss die SPÖ herbe Stimmenverluste hinnehmen, bleibt aber stimmenstärkste Partei. Nach einer "Nachdenkphase" erhält Viktor Klima von Bundespräsident Thomas Klestil im Dezember den Auftrag zur Regierungsbildung. Die Sozialdemokratie tritt in Verhandlungen mit der ÖVP ein, die bei den Wahlen von der FPÖ knapp auf den dritten Platz verdrängt worden ist. Nach wochenlangen Gesprächen scheitern die Regierungsverhandlungen; im Februar 2000 bildet die ÖVP unter heftigen nationalen und internationalen Protesten eine Koalition mit der FPÖ Jörg Haiders. Die SPÖ befindet sich nach 30 Jahren erstmals wieder in Opposition.
Viktor Klima legt kurz darauf den Parteivorsitz zurück; Alfred Gusenbauer, der erst wenige Wochen davor zum SPÖ Bundesgeschäftsführer bestellt worden ist, wird zum neuen Parteivorsitzenden gewählt.
Die erste Regierung Schüssel ist nach knapp 3 Jahren bereits am Ende – untergegangen im Streit um die Auswirkungen des verheerenden Hochwassers im Sommer 2002. Bei den Neuwahlen am 24. November kommt die SPÖ zwar auf 36,9 Prozent (+ 3,7%), rutscht aber erstmals seit 1970 auf Platz zwei hinter der ÖVP ab, die von den massiven Stimmenverlusten ihres Koalitionspartners profitieren kann.
Wenig überraschend setzen ÖVP und FPÖ ihre Zusammenarbeit fort – auch nach der Spaltung der FPÖ im Frühjahr 2005. Am 25. April 2004 wird Heinz Fischer zum Nachfolger von Bundespräsident Thomas Klestil gewählt.
Bei den Nationalratswahlen am 1. Oktober 2006 verliert die ÖVP überraschend stark (- 8%) und die SPÖ wird mit 35,3% der Stimmen und 68 Mandaten wieder stärkste Partei. Die Grünen überholen die FPÖ und werden erstmals drittstärkste Kraft. Nach zähen und mehrmals unterbrochenen Verhandlungen kommt es Anfang des Jahres 2007 zur Bildung einer Koalitionsregierung zwischen SPÖ und ÖVP unter dem neuen Bundeskanzler Alfred Gusenbauer.
Am 16. Juni 2008 wird Werner Faymann zum designierten geschäftsführenden Parteivorsitzenden der SPÖ ernannt.
Bei den vorgezogenen Nationalratswahlen am 28. September 2008, die den rechtspopulistischen Parteien FPÖ und BZÖ starke Gewinne bringen, wird die SPÖ zwar wiederum stimmen- und mandatsstärkste Partei; 29,2% bedeuten allerdings das schlechteste Ergebnis in der Zweiten Republik.
Nach Koalitionsverhandlungen mit der ÖVP wird die erste Regierung unter Werner Faymann am 2. Dezember 2008 durch Bundespräsident Heinz Fischer angelobt.
Bei den Nationalratswahlen 2013 verliert die SPÖ zwar erneut, kann aber den ersten Platz behaupten, Bundeskanzler Werner Faymann setzt die Koalition mit der ÖVP fort.
Nach dem schlechten Abschneiden des SPÖ-Kandidaten Rudolf Hundstorfer bei der Wahl zum Bundespräsidenten am 24. April 2016 gerät Faymann innerparteilich derart unter Druck, dass er schließlich am 9. Mai 2016 seinen sofortigen Rücktritt als Bundeskanzler und als Vorsitzender der SPÖ bekannt gibt.
Als Bundeskanzler folgt ihm Christian Kern nach, der seit 25. Juni 2016 auch Parteivorsitzender ist, nachdem dieses Amt interimistisch von Bürgermeister Michael Häupl übernommen worden war.
Die große Koalition zerbricht schließlich nach dem Rücktritt des ÖVP-Vizekanzlers Reinhold Mitterlehner im Mai 2017. Bei der darauffolgenden Nationalratswahl vom 15. Oktober 2017 kann die SPÖ ihr Wahlergebnis von 2013 halten, stimmenstärkste Partei wird jedoch die von Sebastian Kurz übernommene ÖVP. Am 18. Dezember 2017 wird die Bundesregierung aus ÖVP und FPÖ angelobt, die SPÖ tritt den Gang in die Opposition an.
Nach dem überraschenden Rücktritt Kerns vom Parteivorsitz wird die Ärztin und frühere Bundesministerin für Gesundheit und Frauen Pamela Rendi-Wagner am 24. November 2018 als erste Frau in der Geschichte der Partei zur Parteivorsitzenden der SPÖ gewählt.
Die Ära des als „Wunderknaben“ gehipten Sebastan Kurz – für das US-Nachrichtenmagazin Time einer von zehn „Next Generation Leaders“! – währte, nomen est omen, nur kurz. Seine erste Koalitionsregierung mit der FPÖ zerbrach nach nur 17 Monaten an der „Ibiza-Affäre“, seine zweite Koalitionsregierung mit den Grünen endete nach 21 Monaten mit Kurz' Rücktritt infolge von Ermittlungen wegen möglicher Falschaussagen, Korruption, manipulierter Umfragen und Betrugs.
