Baumgarten stammte aus einfacheren Verhältnissen, absolvierte eine Ausbildung als Maurerlehrling, arbeitete bereits früh als Bauzeichner und besuchte ab 1904 Kurse an der Wiener Staatsgewerbeschule. Von 1907 bis 1910 studierte er an der Akademie der bildenden Künste in Wien. Erste selbständige Aufträge führte er v.a. bei Schloss- und Kirchenrestaurierungen in seiner Heimat durch.
Nach Ende des Ersten Weltkriegs war Baumgarten ab 1919 mit seinem Kollegen Josef Hofbauer bis zu dessen Tod 1936 in einer Arbeitsgemeinschaft tätig; gleichzeitig wirkte er als Assistent von Franz Krauß bzw. von Peter Behrens an der Akademie.
Für die Gemeinde Wien errichteten Baumgarten und Hofbauer den Pirquethof und den eindrucksvollen Bau 10., Kennergasse 10. Ihre eigentliche Domäne aber war der moderne Schulbau. Neben dem Neubau der Zweiten Zentralberufsschule, 15., Hütteldorfer Straße 7-17, errichteten sie mehrere qualitätsvolle Schulbauten für den tschechischen Schulverein Komensky, u.a. das heutige BRG XII, Erlgasse 34, den Schulbau in der Vorgartenstraße 95 und das ehemalige Schulgebäude in der Wielandgasse 2-4, das heutige Ernst-Kirchweger-Haus.
Baumgarten emigrierte 1940 in die USA, wo er an das North Carolina State College berufen wurde, dem er bis zu seiner Emeritierung 1958 verbunden blieb.
Literatur: Helmut Weihsmann, In Wien erbaut, 2005.