Der tschechische Schulverein Komensky wurde im Jahr 1872 gegründet, um den Kindern der tschechischsprachigen Einwohner Wiens – die Wiener Bevölkerung bestand zu dieser Zeit zu 65% aus Zuwanderern! – die Möglichkeit zu geben, eine entsprechende Schule zu besuchen.
Auf der Basis von freiwilligen Spenden wurden bald die ersten Gebäude gekauft und 1883 konnte – trotz behördlicher Schikanen – die erste Komensky-Schule in der Quellenstraße 72 in Favoriten eröffnet werden. Allerdings wurde die Entwicklung des tschechischen Schulwesens in Wien in den folgenden Jahrzehnten, v.a. von Bürgermeister Karl Lueger, mit allen nur möglichen legalen Mitteln behindert.
Obwohl nach Ende des Ersten Weltkriegs viele Tschechen und Slowaken in die neugegründete CSR remigrierten, erlebte der Schulverein Komensky im liberalen Klima des "Roten Wien" seine größte Blüte. Mit finanzieller Unterstützung der Tschechoslowakischen Republik wurden zwischen 1924 und 1934 insgesamt fünfzehn Schulgebäude errichtet – das letzte und modernste dieser Schulgebäude war jenes auf dem Sebastianplatz, das zwischen 1933 und 1935 entstand. Mehr als 5.000 Schüler besuchten zu dieser Zeit die Komensky-Schulen, die vom Kindergarten über Volks- und Hauptschule bis zum Realgymnasium und zur Handelsschule eine breite Palette verschiedener Schultypen anboten.Nach dem "Anschluss" Österreichs verschlechterte sich die Situation der Wiener Tschechen zusehens. 1941 wurden die letzten tschechischen Zeitungen geschlossen, im Jahr darauf wurde auch der Schulverein Komensky aufgelöst und enteignet.
Die Komensky-Schule am Sebastianplatz wurde bereits 1945 wiedereröffnet, allerdings waren die Wiener Tschechen jahrzehntelang zwischen dem regimefreundlichen Verband der Tschechen und Slowaken in Österreich und dem regimekritischen Minderheitenrat der tschechischen und slowakischen Volksgruppe in Österreich gespalten.
Seit 1964 betreibt der Schulverein Komensky nur noch eine Schule in Wien; bei der Volkszählung des Jahres 1971 bekannten sich nur noch 8.000 Personen zur tschechischen Sprachgruppe. Der Weiterbestand der Schule, die nur rund 120 Schüler zählte, hing deshalb jahrelang an einem seidenen Faden.
Nach der "samtenen Revolution" des Jahres 1989 und der Spaltung der Tschechoslowakischen Republik wurde 1994 ein Minderheitenbeirat für die tschechische Volksgruppe in Wien konstituiert; die Komensky-Schule, die auch zum Kulturzentrum der Volksgruppe avancierte, erlebte in den folgenden Jahren einen neuen Aufschwung. Neben dem Kindergarten und der bilingualen Volks- und Hauptschule wurde ein Oberstufenrealgymnasium eingeführt, und im Jahr 2004 konnten erstmals seit 1942 wieder Schüler der Komensky-Schule, die mittlerweile von mehr als 300 Kindern und Jugendlichen besucht wird, zur Reifeprüfung antreten
Die Komensky-Schule wird heute als zweisprachig tschechisch/slowakisch-deutsch unterrichtende Privatschule mit Öffentlichkeitsrecht geführt. Derzeit gibt es drei Kindergartengruppen, zwei Parallelklassen der ersten und zwei Parallelklassen der zweiten Volksschule sowie eine dritte und eine vierte Volksschulklasse. Darauf aufbauend gibt es vier Klassen Sekundarschule und vier Klassen Oberstufenrealgymnasium, wo es im Jahr 2005 den zweiten Maturajahrgang gab.
Die Komensky-Schule und ihre gut ausgestatteten Räumlichkeiten (Theatersaal etc.) ist mittlerweile auch Heimstätte zahlreicher tschechischen Vereine.