Die Tochter einer aus Ungarn nach Wien eingewanderten Familie erlernte den Beruf einer Wäsche-Näherin, absolvierte die Fortbildungsschule und trat 1926 der SDAP in der Leopoldstadt bei, wo sie sich v.a. in der SAJ als Bildungsreferentin engagierte. Von 1932 bis 1933 war sie Heimleiterin im Kinderheim "Jugend in Not" und besuchte anschließend eine Kinderkrankenpflegeschule im Mautner Markhofschen Kinderspital.

Nachdem ihr späterer Ehemann, Karl Czernetz, 1934 eingesperrt wurde, konnte sie rechtzeitig belastendes Material wegschaffen und so verhindern, dass er wegen Hochverrats angeklagt wurde. Nach dem Februar 1934 arbeitete sie in der Illegalität weiter – zunächst in der Gruppe "Funke", dann bei den Revolutionären Sozialisten.

1938 emigrierte sie nach England, wo sie im Klub der österreichischen Sozialisten arbeitete und 1939 Karl Czernetz heiratete.

In der ersten Nacht, in der ich in London war, hat es grauenhafte Angriffe gegeben, und furchtbar viele Bomben sind gefallen. Wie ich überhaupt sechsmal bombardiert worden und verschüttet gewesen bin. Das erste Mal in East End, dann in Hampstead, dann sind wir auf der Oxford Street, da war ich mit meinem Mann zusammen, direkt bombardiert worden von oben, da sind Tiefflieger geflogen mit Maschinengewehren und haben auf der Oxford Street die Leute abgeschossen. [...] Dann habe ich die V2 und V1 erlebt. [...] Die V1 hat schreckliche Zerstörungen zuwege gebracht, aber die V2 hat ganze Straßen niedergelegt. (Interview mit Margit Czernetz über die Bombardierungen von London 1940–1944, 18. 3. 1983, zit. nach http://www.literaturepochen.at/exil/ )

Im November 1945 konnte das Ehepaar Czernetz auf Intervention der Labour Party und der SPÖ gemeinsam mit einer Gruppe von 17 Sozialisten – darunter Karl Ausch, Schella Hanzlik und Marianne Pollak – nach Österreich zurückkehren.

Margit Czernetz engagierte sich in der SPÖ Neubau, wo sie 1948 eine Bildungseinrichtung namens "Morgenröte" – Vorläuferin der 1953 gegründeten "Kulturgemeinde Neubau" – ins Leben rief, 1949 Vorsitzende des Bildungsausschusses, 1951 Mitglied des Bezirksvorstandes und 1960 Vorsitzende der Frauenorganisation wurde.