Josef Friedjung schloss sich schon als junger Arzt der sozialdemokratischen Bewegung an. Friedjung war einer jener Kinderärzte, die sich auch eingehend mit der Psychoanalyse befassten und zahlreiche Publikationen zu diesem Thema veröffentlichten.

Im Ersten Weltkrieg stand Friedjung auf der Seite der "linken" Kriegsgegner und verfasste polemische Artikel gegen führende Ärztevertreter, die die Kriegspolitik der Regierung unterstützten. 1920 wurde Friedjung Universitätsdozent; von 1924 bis 1934 gehörte er dem Wiener Gemeinderat an.

Josef Friedjung, der auch den "Verein sozialdemokratischer Ärzte" gegründet hatte, wurde nach dem Februar 1934 für mehrere Monate im Anhaltelager Wöllersdorf festgehalten. Die Machtübernahme der Nationalsozialisten zwang ihn zur Flucht nach Palästina.

Nach Kriegsende plante er zwar seine Heimkehr, stieß dabei jedoch – so wie viele andere Emigranten auch – auf Schwierigkeiten und Widerstand, v.a. seitens der Ärztekammer.

Die Wohnung und Ordination von Dr. Friedjung befand sich in der Ebendorferstraße 6 im 1. Bezirk. Die Friedjunggasse in Simmering wurde 1956 nach dem Gemeinderat Dr. Josef Karl Friedjung benannt.