Die Tochter des später von den Nationalsozialisten ermordeten Eisenbahningenieurs Jakob Höltei wuchs in Kärnten und der Steiermark auf und lebte seit 1923 in Wien. Sie war Mitglied der Vereinigung sozialistischer Mittelschüler, wo sie Marie Jahoda kennenlernte, und studierte Rechts- und Staatswissenschaften an der Universität Wien (Promotion 1931). So wie ihr Ehemann Ludwig Wagner (1900–1963), der sich 1934 der KPÖ anschloss und 1938 über Schweden in die USA emigrierte, war sie Mitglied der SDAP und von 1931 bis 1936 Angestellte der Wirtschaftspsychologischen Forschungsstelle.

In diese Zeit fällt auch ihre Mitarbeit an der Marienthal-Studie. 1934 bis 1935 fungierte Wagner gemeinsam mit Jahoda als wissenschaftliche Leiterin der Forschungsstelle. Daneben arbeitete sie als Fürsorgerin in der Kinderübernahmsstelle der Stadt Wien.

1936 emigrierte Gertrud Wagner nach Großbritannien, wo sie Soziologie und Psychologie studierte und zwei weitere akademische Abschlüsse erwarb. Noch vor Kriegsausbruch arbeitete Gertrude Wagner an einem Projekt über Langzeitarbeitslose mit; anschließend war sie als Marktforscherin und ab 1939 als Senior Research Officer beim "Wartime Social Survey" tätig.

Gertrude Wagner kehrte erst 1948 nach Wien zurück, arbeitete zunächst als Angestellte der Österreichischen Länderbank, dann als Assistentin an der Abteilung für Soziologie des Instituts für Höhere Studien, wo sie sich insbesondere mit Fragen des Konsumentenschutzes befasste.

2013/14 zeigte der Waschsalon Karl-Marx-Hof eine Ausstellung über die Studie "Die Arbeitslosen von Marienthal".