Nach Jahren der Wanderschaft fand Franz Silberer Arbeit in der Grazer Arbeiterbäckerei, wo die "Reste der radikalen Bäckerbewegung heimisch" waren, so die Arbeiter-Zeitung in einem Nachruf. 1896 kam Silberer nach Wien, trat der Favoritner Fachorganisation der Bäcker bei und wurde 1898 zum Gehilfenobmann gewählt. Silberer wurde Sekretär des Lebensmittelarbeiterverbandes und Redakteur der "Bäckerzeitung". Er engagierte sich für Verbesserungen der Arbeitsbedingungen seines Berufsstandes, setzte den wöchentlichen Ruhetag sowie die Abschaffung des Kost- und Logiszwanges durch. In seiner Amtszeit stieg die Zahl der organisierten Bäcker von 2.000 auf 9.000.

Im Januar 1912 brach Franz Silberer zu einer Tour auf den Hundstein bei Maria Alm auf, von der er nicht zurückkehrte, am Montag, dem 15. Januar, wurde er als vermisst gemeldet. Daraufhin startete die "Reichspost", das Organ der Christlich-Sozialen Partei, eine ihrer Medienkampagnen und behauptete, Silberer sei wohl mit Parteigeldern "nach Amerika durchgebrannt".

Die Naturfreunde starteten daraufhin eine große Suchaktion, aber Lawinen und Schlechtwetter verhinderten die rasche Auffindung des Parteifreundes. Silberers Leiche konnte erst nach der Schneeschmelze am 3. Juni geborgen werden. 2.000 Gewerkschafter und Naturfreunde begleiteten den Trauerzug für den Toten am 6. Juni. An der Auffindungsstelle des Leichnams errichteten Genossen ein Kreuz mit der Aufschrift: "Franz Silberer, verunglückt 6.1.1912, gefunden 3.6.1912".

Die in den Jahren 1927/28 nach Plänen von Georg Rupprecht errichtete Wohnhausanlage, 3., Kardinal-Nagl-Platz 14, wurde nach dem sozialdemokratischen Abgeordneten Franz-Silberer-Hof benannt.