Nach ihrer Teilnahme an der Brünner Konferenz zum Jahreswechsel 1934/35 ging sie in den Untergrund, wurde 1937 verhaftet, doch im Zuge der Februaramnestie 1938 freigelassen.
Im August 1939 wurde Helene Potetz von der Gestapo wegen "marxistischer Betätigung" neuerlich verhaftet und nach zwei Jahren Zuchthaus in das KZ-Ravensbrück deportiert, wo sie bis Kriegsende interniert blieb.

1945 wurde Helene Potetz bei den ersten freien Wahlen in den Wiener Gemeinderat gewählt. Von 1949 bis 1959 war sie eine der Vorsitzenden des Gemeinderates, 1959 wurde sie – als erste Frau in dieser Funktion – zur 3. Präsidentin des Landtages gewählt; diese Funktion übte sie bis zu ihrem Rückzug aus der Politik, 1967, aus.

Die in den Jahren 1985 bis 1988 errichtete Wohnhausanlage, 12., Rosenhügelstraße 35, wurde 1990 Helene-Potetz-Hof benannt und seit 2006 erinnert der Helene-Potetz-Weg im 12. Bezirk an die Politikerin. Seit 2011 vergeben die SPÖ Frauen Meidling jährlich den von ihnen gestifteten Helene-Potetz-Preis für Verdienste um Frauen im Bezirk.