Andreas Mailath-Pokorny studierte von 1978 bis 1983 Rechtswissenschaften und daneben auch Politikwissenschaften. 1984/85 besuchte Mailath-Pokorny die Johns Hopkins University School of Advanced International Studies in Bologna, wo er 1985 ein Diplom in "International Relations" erwarb. Daneben arbeitete er als freier Journalist für diverse Medien, unter anderem für den ORF.

1984 wurde Mailath-Pokorny Studienassistent an der Universität Wien und 1988 Mitarbeiter im Kabinett von Bundeskanzler Franz Vranitzky, als dessen Büroleiter er zuletzt tätig war. Ab 1996 leitete er die Sektion für Kunstangelegenheiten im Bundeskanzleramt.

1998/99 war Andreas Mailath-Pokorny Redaktionsmitglied des "Weißbuches zur Reform der Kulturpolitik", von 1999 bis 2000 Mitglied des Aufsichtsrats in den vier Tochtergesellschaften der Bundestheater.

Ab 2001 war Andreas Mailath-Pokorny Amtsführender Stadtrat für Kultur und Wissenschaft, ab 2015 zusätzlich auch für Sport. Im April 2018 kündigte Mailath-Pokorny an, der neuen Stadtregierung unter Bürgermeister Michael Ludwig nicht mehr anzugehören. Seine Nachfolgerin wurde Veronica Kaup-Hasler.