Der Sohn eines Lokführers begann seine Karriere 1947 als Journalist bei der Arbeiter-Zeitung, war später Redakteur, Ressortleiter und ab 1961 deren Chefredakteur. 1967 wechselte Kreuzer als Chefredakteur des aktuellen Dienstes in den ORF, war von 1974 bis 1978 Fernsehintendant (FS 2, heute ORF 2), und 1984/85 Informationsintendant des Fernsehens.
Von 1985 bis 1987 war Franz Kreuzer als Bundesminister für Gesundheit und Umweltschutz Mitglied der Regierungen Sinowatz und Vranitzky I. Nach seinem Ausscheiden aus der Tagespolitik war Kreuzer als freier Journalist, Konsulent des ORF und redaktioneller Leiter der "Club 2"-Redaktion tätig.
Viele der Gesprächssendungen Franz Kreuzers wurden auch als Bücher herausgegeben, darunter seine Gespräche mit Karl Popper, Konrad Lorenz, Friedrich von Hayek, Max Perutz, Ralf Dahrendorf, Arnold Keyserling, Hoimar von Dithfurth, Leopold Kohr, Egon Matzner, Friedrich Dürrenmatt oder Erwin Ringel.
Franz Kreuzer war auch Gründer und mehrere Jahre lang Präsident der "Karl-Popper-Foundation Klagenfurt" und Initiator der "Klagenfurter Stadtgespräche".
Werk (Auswahl): Franz Jonas, 1969; Der Gottheit lebendiges Kleid. Evolutionstheorie und Glaube, 1982; Im Anfang war der Sinn. Von der Psychoanalyse zur Logotherapie, 1982; Des Menschen hohe Braut, 1983; Offene Gesellschaft – offenes Universum, 1983; Denken über die Zukunft, 1986; Was wir ersehnen von der Zukunft Fernen, 1988; Nobelpreis für den lieben Gott, 2004.