Gustav Eckstein entstammte einer großbürgerlichen, jüdisch-liberalen Familie. Eine seiner Schwestern war Therese Schlesinger, einer seiner Brüder der Universalgelehrte Friedrich Eckstein, über den Karl Kraus scherzhaft meinte, der Brockhaus steige nachts aus dem Regal, um in Eckstein etwas nachzuschlagen.

Gustav Eckstein engagierte sich bereits als Student ab 1897 in der Sozialdemokratie und nur seine schwache Gesundheit brachte es mit sich, daß er in der großen Parteiöffentlichkeit nicht hervortrat, wie es in einem Nachruf hieß.

In der Tat litt Eckstein an der "Wiener Krankheit" genannten TBC. Um sein Lungenleiden zu kurieren, unternahm er eine Seereise, die ihn bis nach Japan führte. Nach seiner Rückkehr und der Beendigung seiner Studien – er wurde an der Universität Wien zum Doktor der Rechte promoviert – ging Gustav Eckstein nach Deutschland, wurde Redaktionsmitglied des wissenschaftlichen Organs der deutschen Sozialdemokratie, der "Neuen Zeit" und auch "die rechte Hand" Karl Kautskys. Darüber hinaus war Gustav Eckstein regelmäßiger Mitarbeiter des "Berliner Vorwärts", des Kampf, schrieb für den österreichischen "Arbeiterkalender", die Arbeiterinnen-Zeitung und den "Jugendlichen Arbeiter".

Ab 1910 unterrichtete er Nationalökonomie an der Berliner Parteischule, ab 1912 auch an der österreichischen Parteischule in Klagenfurt. 

Neben Max Adler, Karl Renner, Rudolf Hilferding, Otto Bauer und Friedrich Adler gilt Gustav Eckstein als bekanntester unter den wissenschaftlich tätigen österreichischen Genossen, die man Austromarxisten nennt.

1915 unterzog sich Gustav Eckstein einer Lungenoperation, die im Jahr darauf vom berühmten Professor Sauerbruch wiederholt werden musste. Gustav Eckstein verstarb an den Folgen der Operation im Züricher Kantonsspital.

Werk (Auswahl): Die Entwicklung des japanischen Familienrechtes, 1908; Leitfaden zum Studium der Geschichte des Sozialismus. Von Thomas Morus bis zur Auflösung der Internationale, 1910; Rosa Luxemburg: "Die Akkumulation des Kapitals", in Vorwärts, 1913; Überflüssige Aufregung, in: Vorwärts, 1913; Die Taktik des Marxismus, 1914; Die deutsche Sozialdemokratie während des Weltkrieges, 1917; Der Marxismus in der Praxis, 1918; Was ist der Sozialismus? Gespräche zur Einführung in die Grundbegriffe des wissenschaftlichen Sozialismus, 1931.