Die Anfänge des SK Rapid sind in der Hutstumpenfabrik Böhm in Ottakring zu suchen, wo die englischen Facharbeiter der Firma, allen voran ein gewisser Mister Lowe, die jungen österreichischen Arbeiter mit dem Fußballvirus ansteckten. Anfang September 1898 gründeten sie schließlich den "1. Wiener Arbeiter Fußballklub" mit den Clubfarben Blaurot. Wenige Tage später wurde die Gründung auch im Wiener Abendblatt verkündet:
Der 1. Wiener Arbeiter Fußball Club, welcher es sich zur Aufgabe gemacht hat, den in Wien so beliebt gewordenen Fußballsport auch unter den sportfreundlichen Kollegen der arbeitenden Klasse einzuführen, ladet hiermit alle ernstlich sport-gesinnten Arbeiter ein, in den Klub, der bereits über eine Anzahl guter und geschulter Spieler verfügt, einzutreten. Die Einschreibegebühr beträgt 1 Krone, und der Wochenbeitrag ist auf 10 Heller festgesetzt.
Die erste Saison des "Arbeiter FC" war allerdings eine bittere Enttäuschung. Von 10 Spielen gingen 7 verloren, die übrigen 3 endeten Remis, und das Torverhältnis war mehr als ernüchternd: 4:75. Aus diesem Grund musste schon wenige Monate nach der Gründung des Vereins am 8.1.1899 eine Notstandssitzung abgehalten werden, die als eigentliche Geburtsstunde des österreichischen Rekordmeisters gilt. An diesem Tag wurde auch ein neuer Name für den Verein gefunden: SC Rapid, nach dem Vorbild des damals erfolgreichen Rapid Berlin.
Bis zum Jahre 1903 musste Rapid sich mit einem behelfsmäßig eingerichteten Fußballplatz auf dem ehemaligen Exerzierfeld auf der Schmelz begnügen. 1903 wechselte der Verein das Revier und zog zum Rudolfsheimer Sportplatz, Ecke Hütteldorfer Straße / Selzerstraße, beim heutigen Meiselmarkt. Einziges Manko: Der Platz war so schief, dass ein Tor um 2 Meter höher lag als das andere!
1904 wurden die Klubfarben in Grün-Weiß geändert, und Rapid erst wirklich zu Rapid. Die Mannschaft wurde stärker und stieg prompt in die 1. Spielklasse auf. 1910 erfolgte ein neuerlicher Rückschlag: Der Rudolfsheimer Platz wurde von der Gemeinde Wien geschlossen und Rapid stand ohne eigenen Platz da. Im Jahr darauf erfolgte deshalb der Spatenstich für die legendäre "Pfarrwiese", und am 28. April 1912 fand das erste Meisterschaftsspiel auf dem bei allen Gegnern gefürchteten Platz statt, der dem Verein mehr als 60 Jahre lang als Heimstätte dienen sollte.
Rapid gewann übrigens zur allgemeinen Überraschung bereits die erste Fußballmeisterschaft in der Saison 1911/12 und hält heute bei der kontinentalen Rekordzahl von 31 Meistertiteln (zuletzt 2004/05). Den 1918/19 erstmals durchgeführten österreichischen Cup gewann Rapid ebenfalls als erster Verein (bisher insgesamt 14 mal).
Das Jahr 1919 war auch sonst ein "historisches", denn damals wurde die berühmte "Rapidviertelstunde" erstmals eingeklatscht. Niemand weiß zwar, bei welchem Spiel es war, aber eines Tages hallte das taktmäßige Klatschen eine Viertelstunde vor dem Spielende von den Rängen, und tausende Fans feuerten ihre Spieler an, um ein verloren geglaubtes Spiel in den letzten 15 Minuten noch umzudrehen.
Vor dem Zweiten Weltkrieg gehörte Rapid zu den besten Vereinsmannschaften Europas. 1930 gewann die Mannschaft den MitropaCup (Gesamtscore 4:3 gegen Sparta Prag), 1938 den deutschen Cup (3:1 gegen Frankfurt) und 1941 sogar die deutsche Meisterschaft (4:3 gegen Schalke 04). Die erfolgreichsten Jahre in der jüngeren Vereinsgeschichte waren die achtziger Jahre. Zwischen 1982 und 1988 gewann der SK Rapid 4 Meistertitel, 4 Cupsiege und 3 österreichische Supercupsiege. In der Saison 1984/85 erreichte Rapid erstmals das Europacupfinale der Pokalsieger (1:3 gegen FC Everton in Rotterdam), 1995/96 zum zweiten Mal (0:1 gegen Paris St. Germain).
Der SK Rapid hat in seiner langen Vereinsgeschichte eine Vielzahl von Spitzenspielern hervorgebracht: Josef "Pepi" Uridil, den Wunderteamspieler Pepi Smistik, den Rekord-Torschützenkönig Franz "Bimbo" Binder, den "Tiger" Walter Zeman, den "Wödmasta" und späteren Erfolgstrainer Ernst Happel, die Körner-Brüder, den Rekord-Internationalen Gerhard Hanappi, den Weltcupsieger Franz Hasil, und nicht zuletzt den "Goleador" Hans Krankl.
1977 erfolgte die Übersiedlung von der legendären "Pfarrwiese" ins neu errichtete "Weststadion", dessen Erbauer der frühere Rapidler und Rekordinternationale Gerhard Hanappi war, der sich damit selbst ein Denkmal setzte. Nach Hanappis frühem Tod im Jahr 1981 wurde das Weststadion in Gerhard-Hanappi-Stadion umbenannt. Pläne zur Renovierung des in die Jahre gekommenen Stadions konnten lange Zeit nicht in Angriff genommen werden. Im Mai 2014 wurde schließlich der Neubau des Stadions verkündet. Die neuerrichtete Spielstätte trägt den Namen „Allianz Stadion“, verfügt über eine Kapazität von rund 24.000 Zuschauern und wurde am 16. Juli 2016 mit einem Freundschaftsspiel gegen den FC Chelsea eröffnet.
Die besondere Beziehung des als "Wiener Arbeiter Fußballklub" gegründeten Vereins zur Wiener Arbeiterbewegung ist bis heute lebendig geblieben. 1989 wurde etwa ÖGB-Präsident Anton Benya Präsident des SK Rapid; von 2001 bis 2013 übte der frühere Finanzminister Rudolf Edlinger diese Funktion aus.
Ein eigenes Museum, das Rapideum, wurde am 14. Juli 2016 feierlich eröffnet.
Publikation: Rapid-Magazin. Die offizielle Zeitschrift des SK Rapid, 1996 - laufend.
Literatur: Reinhold Aumaier, Rapid, Rapid... Ein Match-Tage-Buch samt Rückschau & ein Blick nach vorn, 1999; Franz Binder, Die "unendliche" grün-weisse Geschichte, 1993; Dieter Chmelar, Rapid, der Klub, der keinen kaltläßt, 1984; Roland Holzinger, Rapid - Die Chronik 1899-1999, 1999; Karl P Koban, 100 Jahre Rapid. Geschichte einer Legende, 1999.