Der Verein wurde 1921 von Angestellten des Kraftwerkes Engerthstraße in der Leopoldstadt als "Sportclub Elektra Wien" gegründet. 1923 konnte in der heutigen Kafkastraße der erste Fußballplatz der Elektra eröffnet werden. Der Verein war von 1921 bis 1924 Mitglied des Allgemeinen Fußballverbandes und trat 1926 dem Verband der Amateurfußballvereine Österreichs (VAFÖ) bei.

Neben dem SC Elektra Wien gab es zu dieser Zeit noch die E-Werksvereine SC E-Werk IX (Direktion Mariannengasse) und SC E-Werk XI (Kraftwerk Simmering). 1932 erfolgte schließlich die Fusion dieser drei Vereine zum "Kultur- und Sportverein der Wiener Elektrizitätswerke", dessen Fußballsektion als "SC E-Werk Wien" auftrat. 1934 musste der SC E-Werk seinen Spielbetrieb vorübergehend einstellen, durfte jedoch 1935 wieder in der 2. Klasse des Wiener Fußballverbandes antreten. Wegen seines Naheverhältnisses zur Sozialdemokratie wurde der SC E-Werk schließlich jedoch aufgelöst.

Sofort nach Kriegsende neu gegründet, wurde der Klubname 1948 in FS Elektra geändert. 1950 konnte der Meistertitel in der Wiener Liga errungen werden. Elektra spielte damit in der höchsten österreichischen Fußballliga, der Staatsliga A.

Der Verein, der 1957, 1970, 1975 und 1981 Meister der Wiener Liga wurde, spielt gegenwärtig in der Wiener Oberliga B. Nachdem die alte Sportanlage in der Engerthstraße einer Wohnhausanlage weichen musste, übersiedelte der FS Elektra 1980 in die neue Sportanlage der KSV Wienstrom, 2., Josef Fritsch Weg 2-4.