Ilse Pfeffer engagierte sich früh bei den Kinderfreunden und studierte Psychologie, die Promotion erfolgte 1984. Anschließend arbeitete sie als Psychologin im Rahmen des Akademikertrainings im psychologischen Dienst der Gemeinde Wien, ab 1986 als Vertragsbedienstete.

Ebenfalls seit dem Jahr 1984 ist sie in der SPÖ Hernals in verschiedene Funktionen tätig, von 1987 bis 2001 als Bezirksrätin, ab 2001 als Bezirksvorsteher-Stellvertreterin. Im Jahr 2002 übernahm sie von Hans Mentschik die Funktion der Bezirksvorsteherin, die sie bis 2022 innehatte.

Nach 20 Jahren im Amt übergab sie an Peter Jagsch. Seit 2000 ist Ilse Pfeffer stellvertretende Bezirksparteivorsitzende und auch aktives Mitglied im Bund der sozialdemokratischen Freiheitskämpfer in Hernals.