Von 1976 bis 1980 im Vorstand der Sozialistischen Jugend aktiv, übte Christoph Matznetter von 1980 bis 2000 verschiedene beratende Funktionen innerhalb der SPÖ-Bundespartei aus. Bereits während des Studiums der Politikwissenschaft an der Universität Wien (1978 bis 1982 und 2001 bis 2002) begann Matznetter seine Ausbildung zum Wirtschaftstreuhänder. Ab 1985 war Matznetter als Steuerberater und danach als beeideter Wirtschaftsprüfer und Steuerberater sowie geschäftsführender Gesellschafter von drei Wirtschaftstreuhänder-Kanzleien tätig.

Im Jahr 2000 wurde Christoph Matznetter Bundesparteikassier und Mitglied des Bundesparteivorstandes, seit 2001 ist er Mitglied des SPÖ-Bundespräsidiums, im November 2002 wurde er Abgeordneter zum Nationalrat sowie Finanz- und Budgetsprecher der SPÖ. Im Juni 2005 wurde Matznetter Präsident des Sozialdemokratischen Wirtschaftsverbandes Österreich und Vizepräsident der Wirtschaftskammer Österreich. In der Regierung Gusenbauer wurde der Finanzexperte im Januar 2007 zum Staatssekretär im Bundesministerium für Finanzen bestellt (bis 2008), von 2014 bis 2017 war Matznetter wieder Abgeordneter zum Nationalrat.

Nachdem Ende September 2017, zwei Wochen vor der Nationalratswahl, Georg Niedermühlbichler im Zuge der sogenannten "Silberstein-Affaire" zurücktreten musste, übernahm Christoph Matznetter gemeinsam mit Andrea Brunner interimistisch die Funktion des Bundesgeschäftsführers.